Τα Πανεπιστήμια είναι η κατηγορία φορέων που παράγει τις περισσότερες δημοσιεύσεις της χώρας. Στο κεφάλαιο αυτό παρουσιάζονται αναλυτικά οι βιβλιομετρικοί δείκτες των επιστημονικών δημοσιεύσεων 20 Πανεπιστημίων.

Στον πίνακα που ακολουθεί παρουσιάζεται ο αριθμός δημοσιεύσεων και ο αριθμός αναφορών των Πανεπιστημίων για την πενταετία 2012-2016, καθώς και στοιχεία που αντιστοιχούν στην πενταετία 2010-2014, τελευταία πενταετία της περιόδου που εξετάστηκε στην αμέσως προηγούμενη μελέτη του ΕΚΤ. 

Στις δημοσιεύσεις των Πανεπιστημίων προσμετρώνται και οι δημοσιεύσεις των οικείων Πανεπιστημιακών Νοσοκομείων και των Ερευνητικών Πανεπιστημιακών Ινστιτούτων.

Δεν αναφέρονται αναλυτικά στοιχεία για το Πανεπιστήμιο Δυτικής Ελλάδας, το Διεθνές Πανεπιστήμιο και την Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών.

Έχουν ληφθεί υπόψη οι συγχωνεύσεις και ομαδοποιήσεις των πανεπιστημιακών τμημάτων σύμφωνα με το σχέδιο Αθηνά.